生物芯片是近几年来发展起来的一项尖端技术，是随着人类基因组计划(HGP)发展起来的，融电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的交叉学科新技术。过去20年里许多科技发展促成了生物芯片的发展。
    生物芯片技术的发展最初得益于Ed Southern提出的核酸杂交理论，即标记的核酸分子能够与被固化的与之互补配对的核酸分子杂交。从这一角度而言，Southern blot可以被看作是生物芯片的雏形。
    Fred Sanger和Walter Gilbert发明了现在广泛使用的DNA测序方法，并由此在1980年获得了诺贝尔奖。另一个诺贝尔奖获得者Kary Mullis在1983年首先发明了PCR法，以及后来再此基础上的一系列研究使得微量的DNA可以放大，并能用实验方法进行检测。
    八十年代初期Bains W．等人创造性的将短的DNA片断固定到支持物上，借助杂交方式进行序列测定。为了提高效率，借鉴集成电路制造的技术发明了一种生物信片，自然成为大规模杂交测序技术的发展方向。
    1986年Leroy Hood发明的荧光色谱DNA测序法又促进了DNA测序的自动化发展。
    90年代初期人类基因组计划(Human Genome Project，HGP)和分子生物学相关学科的发展也为基因芯片技术的出现和发展提供了有利条件。Afymatrix公司Fodor领导的小组，组织半导体专家和分子生物学专家共同研制出：1991年利用光蚀刻光导合成多肽；1992年运用半导体照相平板技术，对原位合成制备的DNA芯片作了首次报道，这是世界上第一块基因芯片；1993年设计了一种寡核苷酸生物芯片；1994年又提出用光导合成的寡核苷酸芯片进行DNA序列快速分析；1996年灵活运用了照相平板印刷、计算机、半导体、激光共聚焦扫描、寡核苷酸合成及荧光标记探针杂交等多学科技术创造了世界上第一块商业化的生物芯片；1995年，Stanford大学的P．Brown实验室发明了第一块以玻璃为载体的基因微矩阵芯片。